虽然手机报相对于传统报纸有着传播速度快、随时随地接收、传播功能全面、互动性强等优势，但现阶段手机报纸在现实中的发展并不乐观，还存在一些瓶颈环节。诺达咨询《手机报发展研究报告2009》分析，手机报目前主要存在以下发展瓶颈。
首先，内容同质化严重，缺乏创新性
在强调“内容为王”的媒介产品竞争时代，内容同质化无疑将是手机报发展的最大问题。由于目前的手机报纸没有自己的原创内容，缺乏健全的采编体系和运作管理模式，其媒体业务、新闻来源等都完全依附于传统媒体或互联网，信息资源同质化，缺乏自身竞争力。据统计，现在报纸、新闻网站和手机报每天重复率高达60%;除了极少数有特色的手机报，不同的手机报之间信息的雷同度也相当惊人。事实上，手机报的用户和手机的终端特征决定了手机报内容需要有其独特性，并具有灵活定制等特征。但从目前的内容发展状态来看，如何突破内容瓶颈是手机报发展的首要问题。
其次，用户习惯和忠诚度尚未形成
用户习惯的培养不仅是指用户形成对手机报的消费习惯，更重要的是形成对特定手机报的消费忠诚度。这是一个长期而漫长的过程，短期内的投入与产出不一定不会成正比。目前像现在市场上由很多SP来做手机报，手机报开发的种类繁多，却基本上没有顾及对手机报用户习惯的培养;在内容上也没有哪份报纸做做到了特色鲜明，在用户中形成了很强的知名度和忠诚度，因此很难把手机报前期的市场培育工作做好。
再次，盈利模式单一、急需创新
从目前手机报的运营看，主要通过三种手段实现盈利：一是对彩信定制用户收取包月订阅费；二是对WAP网站浏览用户采取按时间计费的手段；三是借鉴传统媒体的盈利方式，通过吸引用户来获取广告。现阶段最主要的盈利靠第一种订阅模式，这部分收入还需在运营商和报社之间分配。
因为没有足够的利润空间，目前还有相当大一部分手机报为免费赠阅，付费用户比例很小。由于尚未开辟出其他的盈利模式，导致手机报产业链各方缺乏继续推动手机报的动力。但通过调查表明，有创意的广告设计不仅不会被用户排斥，还能把读者的兴趣吸引到浏览内容上，增长读者对手机报的浏览时间。因此内容和广告的创新对盈利模式的创新具有很重要的作用。 
